Не оставляйте не подключенными выводы в Z-состоянии!
Стараётесь развести неиспользуемые "подтянутые" ножки на отдельный разъем на плате - сам разъем можно не паять - но в случае необходимости вы сможете легко впаять его и так задействовать эти выводы МК.
Что делать если внешний сигнал превышает диапазон напряжений допустимый для ножки МК?
Ответ прост:
Напряжение сигнала, на который должен отреагировать МК, может быть каким угодно большим. Нам важно чтоб на самой ножке МК он не выходил за допустимый диапазон!
Этот диапазон я указал выше.
Чтобы выполнить это условие очевидно нужно между большим внешним сигналом и ножкой МК поставить какой то элемент, на котором будет падать (поглощаться, гаситься) напряжение на которое входной сигнал выходит за диапазон допустимых напряжений для ножки МК.
Простейший, обычный вариант - гасящий резистор!