Если вам нужно тактировать МК внешним сигналом (например, от другого МК в системе или какой либо микросхемы имеющий собственное тактирование) то его нужно подать на ножку XTAL1 , а ножку XTAL2 оставить свободной.
Параметры такого сигнала см. в ДШ.
Есть еще выводы и для подключения очень точного, но медленного часового кварца - обычно это маленький цилиндрик с двумя гибкими ножками, конденсаторы ему обычно не нужны, да и сам этот кварц нужен, если вы хотите сделать, например, часы реального времени - т.е. он совсем не обязателен.
С учетом занятости некоторых ножек МК под конструктивно заданные функции, количество выводов МК доступных вам для использования меньше чем имеет МК !
МК ATmega16 позволяет использовать 32 ножки из 40 в корпусе DIP.
Эти 32 ножки составляют ( сгруппированы в ) 4 порта МК
Порт в МК это 8 ножек или линий ввода-вывода (выводов МК или IO или I-O или I/O) имеющие индивидуальные номера от 0 до 7 и общую букву A, B, C, D, ... отличающую этот порт от других.