Есть несколько интересных моментов:
Питание на МК (вывод VCC) и на встроенный в МК АЦП (вывод AVCC) подается через резистор 10 Ом и эти выводы зашунтированы 10 нФ конденсаторами на землю устройства - это сделано для фильтрации (ослабления) высоко частотных и импульсных помех наводящихся на цепи питания устройства.
Лучший результат можно получить поставив вместо резисторов индуктивности по 60-100 нГн а совсем уж крутизна применить специальные проходные фильтры для питания, например Murata.
К выводу опорного напряжения АЦП МК (вывод AREF) подсоединен лишь конденсатор 100 нФ на землю для снижения пульсаций напряжения - очевидно используется внутренний источник опорного напряжения - такой имеется и у МК ATmega - на 2,56 вольт.
Обратите внимание на разъем J2 JTAG-ISP - этот разъем позволяет прошить МК прямо в системе (с помощью ISP адаптера) и проводить отладку и мониторинг работы программы МК прямо в готовом устройстве по интерфейсу JTAG .