Используйте этот мастер и далее по ходу работы программы - точно так же как и в начале, но не генерируйте новые файлы а просто откройте меню "файлы - просмотр" и посмотрите нужный кусок программы на Си, возьмите что вам нужно и вставьте в вашу программу.
Обязательно читайте Help к компилятору - по сути это одновременно и учебник по Си для AVR и именно в нужном вам объеме! Это относится и к другим используемым вами программам. Читайте инструкцию и помощь! Смотрите, пробуйте, изучайте ПРИМЕРЫ к программе!
Для полного цикла разработки устройства достаточно только одного компилятора CodeVisionAVR.
Однако, я рекомендую вам, использовать еще один компилятор: ICC AVR от компании Imagecraft
Я использую и его генератор начального кода на Си - конфигуратор периферии AVR - в паре с CodeWizardAVR.